例の記事は、2005年のですから、今のココログとは仕組みが違っていて、[ウェブログ]や[投稿]は今のココログにはありません。
ファビコンについては<link rel=>で指定しなくても、単にブログのルートにfavicon.icoを置いておけば、ほとんどのブラウザでちゃんと認識してくれます。
ファイルのアップロードについては、以下のFAQを参照してください。favicon.icoを置くのはフォルダの下ではなくてルートディレクトリです。
http://cocolog.kaiketsu.nifty.com/faqs/17310/thread