こんにちは。
入力している欄は
管理ページトップ>デザイン>カスタムCSSを編集
を開いたページですか?
ここに入力して「変更を保存」したあとブログを開きなおせば上記のEF Maniaさんの回答の記述で消えているはずですが…。
私も同じデザインで試してみましたが、ちゃんと消えました。
>トップページ(ウェブページ)→メインページ(ウェブページ)→各個別記事と飛ぶようにしてある
は、設定>表示設定でトップページを「ウェブページを表示」にしてあるという意味ですよね?
これも試してみましたが、この状態でも上記の記述でナビゲーションリンクは消えましたので関係ないと思います。
入力している欄が間違いないのであれば、ブラウザ側でエラーが出ているのかもしれません。
下記の処理をしたあと、ブラウザを再起動してみたらどうなりますか?
■[IE9] InternetExplorer9 キャッシュを削除する方法
http://kb.seeck.jp/archives/1088それと、「CSSの編集」内に記述してあるのはこのCSSだけですか?
それ以外の記述(特に前に書いてあるもの)にエラーがある場合、他の記述にも影響が出る場合があります。