こんにちは。
ご質問の項目は、文字通りの意味で「(ブログ)記事」と「ウェブページ」にそれぞれコメントを受け付けるかどうか設定するためのものです。
ココログでは「(ブログ)記事」と「ウェブページ」は別々のものとして扱われます。
■参考:ウェブページとはなんですか?使い方を教えてください。
http://cocolog.kaiketsu.nifty.com/faqs/17296/threadシステム的なことはよく判りませんが、「記事」と「ウェブページ」は作成画面自体別のページに分けられていますので、こうした項目も別々に準備する必要があったのではないかと思われます。
なお、この項目はあくまでも「初期設定」ですので、ここでチェックを入れても個々の作成画面で個別に「コメントを受け付けない」を選択することも可能です。
以上、上手く説明できているかどうか判りませんがご参考まで。