こんにちは。
デザイン崩れについては、単純な1つだけの回答というのはありません。
個々のケースによって原因が異なるからです。
とりあえず質問文の内容を過去の経験やこの掲示板の中身と照らしあわせてみると、考えられるのは
1) トップページと、個々の記事を表示するページのレイアウトが揃っていない
2) 個別記事のどこかにHTMLの記述ミスがある
あたりではないかと思います。
1) トップページと、個々の記事を表示するページのレイアウトが揃っていない
デザインを変更するときにトップページのみサイドバー設定になっていて、その他のページは1カラムのデザイン(サイドバーなし)の状態になっている場合などです。
このケースなら下記の処理をすれば改善されると思います。
■ココログの再構築(全反映、全リビルド)方法
http://cocolog.kaiketsu.nifty.com/faqs/17064/thread2) 個別記事のどこかにHTMLの記述ミスがある
ブログ記事(およびWebサイト全般)はHTMLという記号を使って表示されています。
(ブログではシステムの中で自動的にHTMLが生成される仕組みです)
この記述に何らかの原因でエラーが混入すると表示が崩れる原因になります。
この場合の対応は下記ページなど参考にしてください。
■デザイン崩れ:突然サイドバーが下に落ちてしまった場合の修正方法
http://cocolog.kaiketsu.nifty.com/tips/20562/thread■右サイドバーが中央の記事欄の下に回り込んでしまいます
http://cocolog.kaiketsu.nifty.com/faqs/46356/thread冒頭にも書きましたが、上記はいずれも質問文の内容から推測したもので、確実な回答ではありません。
上記の内容が該当しないようであれば、質問者さんのブログアドレスの提示をご検討ください。
ブログを直接見てみれば何か別の原因が見つかるかもしれません。
以上、ご参考まで。