まず、右サイドとフッターがかぶってしまう件ですが、お使いのテンプレのCSSを見ると、#right が float ではなく positoin: absolute; で配置制御されているようですので、回り込み解除を効くようにするには、
#right {
position: static;
float: left;
}
などとしてfloat 制御に変更してやる必要があると思います。
次に、HTMLについてですが、これは Another HTML-lint の結果に書いてある通り(^^;、開始タグが足りないのが原因です。
以下のようにしてみてはいかがでしょうか。
</div><!-- .typelist-note -->
</li><!-- .module-list-item -->
</ul><!-- .module-list -->
</div><!-- .module-content -->
</div><!-- .module -->
</div><!-- .sidebar -->
</div><!-- #right -->
<div style="clear: both;"> </div>
<div id="dummy-footer">
<div class="sidebar">
<div class="module-typelist module list">
<div class="module-content module-body typelist-plain">
<ul class="module-list">
<li class="module-list-item">
<div class="typelist-note">
<!-- ナビはじめ -->
<div class="navigation">
…(以下略)
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