yamayama さんのブログを拝見しましたが、私の使うブラウザ「IE9、Firefox6、Google Chrome13」のどれでも表示が乱れます。
IE6は独自仕様が多くて、IE6できちんと表示される状況で安心していると、他のブラウザでの表示が実は乱れていた、ということはよくあります。すでにIE6は古いブラウザで、閲覧者の多くが最新ブラウザに移行している状況ですから、最新ブラウザでちゃんと表示されることを目指した方が良いと思います。
ブログのトップが乱れる原因としては、バナー領域の高さが40pxに指定されているのが原因ですね。それを直す方法は分かりませんが、CSSで以下の記述を加えると治ると思います。
#banner {height: 100%; overflow:hidden;}
CSSの編集については、以下のURLを参考にしてください。
http://cocolog.kaiketsu.nifty.com/faqs/17367/thread