こんにちは。
要は「表示用」と「取得用」2つのスクリプトタグが提供されて、どちらも設置する必要があるということですよね。
だとしたら、別々のマイリストを作成してそれぞれのタグを別のリストとして置いてもいいし、
同じマイリストの中で項目だけ分けてもいいし、
極端な話、同じマイリストの同じ項目に連続で書いても大丈夫だと思います。
同じサイトから提供されているタグであればどんな設置の方法でも干渉して悪影響が出ることはないと思うので、あまり難しく考える必要はないと思いますよ。
※管理の面+見栄えから言うと、1番目か2番目の方法がいいような気がしますが。
ただ、ココログの場合、ページランキングのブログパーツはアクセス解析の画面で標準機能としてついているので、
こちらで設定したほうが簡単なのでは?と個人的には思います。