こんにちは。
その、新しく作ったカテゴリーには記事が1つ以上ありますか?
該当のカテゴリーに紐ついた記事が1つ以上作成されないと、サイドバーへのカテゴリー表示はされません。
それが原因ではないでしょうか。
>カテゴリーはいくつまで作れるとかありますか?
カテゴリーの数の制限は特にありません。
ただし、カテゴリーの数が多すぎるとデータ処理に時間が掛かり、エラーが発生する原因になる場合もあるようです。
■参考:Re: [その他]カテゴリ
http://cocolog.kaiketsu.nifty.com/questions/12637