こんにちは。
>googleから検索ではなく、直接リンクをクリックしてアクセスしてくる
生ログのリンク元が検索ワードのページではなく「https://www.google.co.jp/」だけになっているアクセスという意味でしょうか?
だとしたら多分下記ページの内容など参考になるのではないかと思います。
■Googleがウェブ検索をSSL(HTTPS)で暗号化 -- リファラーの取得ができなくなる!? | 海外SEO情報ブログ
http://www.suzukikenichi.com/blog/google-turns-on-ssl-encryption-for-search/
■GoogleアカウントにログインしていないユーザーにもSSL検索が強制適用、(not provided)が100%になる日は近い!? | 海外SEO情報ブログ
http://www.suzukikenichi.com/blog/google-enforces-ssl-search-even-if-you-are-not-logging-in-google-account/