ご質問の意味を理解しました。
もしかしたら、PV(ページビュー数)、VISIT(訪問者数)、UU(ユニークユーザ数)の数え方が旧と新で変わったからかもしれません。下は新アクセス解析で、旧はどう言う規準で数えていたのかは忘れてしまいましたが...
アクセス解析用語集
http://cocolog.kaiketsu.nifty.com/faqs/87278/threadtanikeiさんはマイフォト(アルバムのような機能)をお使いではないようなので、当てはまらないかと思いますが、旧アクセス解析はマイフォトへの訪問も数えてくれたのが新では対象外になったのは覚えています。
このため、新旧のアクセス解析が共存していたときに比較したら、新アクセス解析では(マイフォトへの訪問が全く反映されないので)PV数がかなり減っていました。
あと、考えられるのは、トップページに表示する記事数を増やしてはいませんか?
例えば、以前は3記事だけ表示していたのに10記事に増やした場合、トップページを1回アクセスすれば10記事を読めてしまいます(=PVは1回)が、3記事の時はその前の記事を読むために一つずつ前の記事も読んでくれた(=PVは開いたページだけ増えていく)ということになります。
最初に書いたように「数え方が変わったから」と割り切って、現在のアクセス解析でPV数を増やすことを目標になさったらいかがでしょうか。